LCMS
Další informace
WebinářeO násKontaktujte násPodmínky užití
LabRulez s.r.o. Všechna práva vyhrazena. Obsah dostupný pod licencí CC BY-SA 4.0 Uveďte původ-Zachovejte licenci.
Autor
Vědavýzkum.cz
Cílem portálu Vědavýzkum.cz je uveřejňovat relevantní, přehledné a aktuální informace o výzkumu, vývoji a inovacích a navazujících oblastech (ochrana duševního vlastnictví, transfer technologií a znalostí, komercializace, spolupráce s aplikační sférou atd.) pro nejširší cílovou skupinu.
Tagy
Článek
Osobnosti
Video
Logo of LinkedIn

Michal Holčapek: U interdisciplinárních projektů je obtížné najít společnou řeč

Pá, 12.5.2023
| Originální článek z: Vědavýzkum.cz/TM
Čerstvý držitel ERC Advanced grantu Michal Holčapek z Univerzity Pardubice se věnuje výzkumu na pomezí analytické chemie, biologie a medicíny.
Video placeholder
  • Foto: UPCE: Michal Holčapek: U interdisciplinárních projektů je obtížné najít společnou řeč
  • Video: FChT Pardubice: Prestižní ERC grant pro výzkum rakoviny

Bude se snažit pochopit, proč se liší lipidomický profil krve pacientů s nádorovými onemocněními od těch zdravých. A doufat, že se nadějné výsledky jeho výzkumu podaří převést do klinické praxe v podobě metody na včasnou detekci rakoviny slinivky.

Jaké byly Vaše první dojmy, když jste zjistil, že jste spolu s Vaším týmem obdrželi ERC Advanced grant?

V pátek ve 3 odpoledne mi přišel email, že náš projekt financování nedostal a jsme na listině náhradníků. Upřímně říkám, že jsem byl velmi zklamaný, protože těsně pod čarou už jsem byl v roce 2012, když jsme žádali o ERC Starting grant. V mojí skupině panovalo přesvědčení, že grant dostaneme buď teď, nebo nikdy. Přípravě projektu jsme věnovali enormní úsilí a lépe už bychom to napsat nedokázali. Ani jsem si nepřečetl posudky, zaklapl jsem počítač a šel jsem si zaběhnout 10 km. Cestou jsem si v restauraci koupil černé pivo na smutek. Dvě hodiny nato jsem obdržel gratulaci k přijetí grantu, ale oficiální prohlášení o zisku ERC grantu přišlo až druhý den.

Čemu se budete v rámci výzkumu věnovat?

Zjistili jsme, že lipidomický profil krve pacientů s některými nádorovými onemocněními je odlišný od zdravých kontrol. Dnes na jeho základě dokážeme odlišit pacienty, kteří mají karcinom pankreatu nebo jiné maligní nádorové onemocnění. V rámci ERC projektu budeme zkoumat biologický mechanismus, proč tomu tak je. Využijeme několik různých analytických metod (lipidomiku, metabolomiku a částečně i proteomiku a transkriptomiku) a všechna data pak dáme dohromady a budeme se snažit pochopit, proč ke změnám dochází. Až doposud jsme jen pozorovali a popisovali změny. Nyní chceme změnit přístup a začít studovat mechanismy. Tím se ale už dostávám za hranici svého oboru, kterým je analytická chemie a potřebuji odborníky, kteří zase rozumí jiným oblastem. Je to hodně týmová práce. Počet kolegů, kteří se podíleli na návrhu, je velký. Nejsem to jenom já a lidé z mého týmu, ale i mnoho lékařů a biologů z České republiky i ze zahraničí.

💡 Kdo je prof. Michal Holčapek? Poznejte blíže jeho práci, tým a příběh.

UPCE: prof. Ing. Michal Holčapek, Ph.D.

Spolupráce a interdisciplinarita jako klíč k úspěchu

Často zdůrazňujete nenahraditelnou roli Vašeho výzkumného týmu.

Nemám rád, když se můj podíl zveličuje. Role všech členů skupiny je pro výzkum důležitá. Chci, aby z mých studentů vyrostli špičkoví vědci. Z některých už jsou dnes řešitelé grantových projektů a samostatní výzkumníci. Kromě toho, že jsem vědec, tak jsem také vysokoškolský učitel a výchova mladé generace je pro mě důležitá. Pracovní prostředí v mém týmu je velice neformální a přátelské. Občas chodíme na společné výlety do hor a pořádáme různé společné akce.

Podle čeho si kolegy do týmu vybíráte?

Rád spolupracuji s mladými lidmi. Vždy se snažím vybírat ty, kteří mají o vědu velký zájem a mají ji chuť dělat. Nikoho do práce nenutím, ale vzhledem k tomu, že v laboratoři máme skvělé vybavení i zajímavá témata, tak to ani není nutné. Při výběru je pro mě důležité i to, aby noví kolegové zapadli do stávajícího týmu a byli komunikativní a přátelští, protože zkušenější kolegové běžně zaučují ty mladší, a tak to může fungovat i beze mě. Já se již u těch přístrojů nevyskytuji tak často a většinu z nich nedokážu bez pomoci už ani spustit.

Jste špičkový analytický chemik, ale zmiňoval jste, že se musíte se umět domluvit i s biology či lékaři…

U interdisciplinárních návrhů je vždy poměrně obtížné vše zkoordinovat a najít společnou řeč tak, abychom se pochopili. Když jsme začínali, tak jsme si vzájemně nerozuměli. Dnes už se umíme domluvit, ale bylo obtížné najít společnou řeč. Například od lékařů máme spoustu vzorků a musíme chápat, co nám onkologové říkají o diagnóze pacientů a z toho plynoucích konsekvencích. Samozřejmě nejsem lékař a nerozumím všemu dopodrobna, ale musím pochopit, co mi říkají. To samé platí i pro biology…

Způsobilo Vám široké oborové rozkročení Vašeho návrhu nějaké těžkosti?

Vzhledem k zaměření projektu na lipidomickou analýzu jsme jej podávali v biologickém panelu. Pokud bych projekt zařadil do panelu zaměřeného na analytickou chemii, což je moje specializace, tak bych pravděpodobně neuspěl, protože se v něm očekává inovace jiného typu, například vývoj nového přístroje. Velmi jsem se obával finální diskuze, protože nemám biologické vzdělání a moje znalosti jsou tedy omezené. Několik týdnů jsem se připravoval, četl jsem biologické knihy a publikace, abych ukázal, že vím, co a proč děláme, kam tím směřujeme, a že nejsem bezvýhradně závislý na svých spolupracovnících.

Excelence řešitele i návrhu

Jak dlouho jste podání ERC Advanced projektu zvažoval?

Projekt jsem plánoval několik let dopředu. Roky jsem pracoval na tom, aby moje skupina měla publikované práce v prestižních Nature časopisech a abychom byli skutečně považováni za špičkový tým. Při podání jsme měli několik excelentních publikací, ale nejdůležitější z nich byl článek v Nature Communications týkající se včasné detekce karcinomu pankreatu. Pracovali jsme na něm několik let, zamítli nám jej asi v 10 časopisech a přijali po třech letech od prvního podání. Publikace na této úrovni byly nicméně klíčové, protože bez nich je v kategorii ERC Advanced projektů velmi těžké uspět.

Jak probíhala příprava vlastního projektu?

Začali jsme jej psát přibližně rok před podáním. Ke konci jsme využili konzultaci s agenturou Yellow Research, která nám poskytla velmi cennou zpětnou vazbu a názor na to, kde jsou v návrhu chyby, nejasnosti a co by chtělo zlepšit. Projekt jsme také konzultovali s prof. Strakošem a dalšími kolegy, kteří jej komentovali, kritizovali a poskytli nám důležitou zpětnou vazbu, co ještě není dost jasné nebo přímočaré. Musí to být zkrátka dokonalé.

Bez enormní časové investice to tedy nejde…

Pokud nejste odhodláni věnovat přípravě projektu ohromné množství času, tak jej nemá smysl podávat. Můžete být sebelepší vědec se skvělými nápady, ale pokud nemáte perfektně zpracovaný projekt, tak nemáte šanci. Stejně tak platí, že pokud nápad nebo profil uchazeče nejsou dostatečně kvalitní, tak vám ani konzultace nepomohou. Excelence musí být jak na straně hlavního řešitele, tak na straně návrhu. Pokud něco z toho chybí, tak dle mého názoru nemůžete uspět.

Vědavýzkum.cz: Tým prof. Michala Holčapka na Univerzitě Pardubice

Světová věda v Pardubicích

Děkan domovské chemicko-technologické fakulty Petr Němec řekl, že Váš ERC Advanced grant ukazuje, že špičkový výzkum je možné dělat i mimo nejznámější centra.

Minimálně v oblasti chemie bych tedy neřekl, že jsme regionální univerzita, protože naše výsledky jsou dlouhodobě na špičkové úrovni. Tohle je druhý ERC projekt, který na chemicko-technologické fakultě Univerzity Pardubice máme. Tím prvním byl ERC Starting grant kolegy Jana Macáka z roku 2014. K mému ERC CZ z roku 2013 také ještě letos přibudou na Univerzitě Pardubice další dva, z toho jeden na naší fakultě.

Takže nevidíte rozdíl mezi Univerzitou Pardubice a špičkovými světovými institucemi?

Tomu, čemu se u nás věnuje jeden člověk, tak je na velkých a špičkových institucích po světě vyčleněné celé oddělení. Když na takové instituci někdo získá ERC projekt, tak to není nic mimořádného, protože takových tam dostali už desítky. Česká republika je menší země, která není ekonomicky nejsilnější a získávat podobné granty je podle mě mnohem obtížnější, než kdyby byl návrh podán z instituce světového jména. Startovací pozice prostě není stejná. Pokud by si hodnotitelé v odborném panelu řekli: „Holčapek, Pardubice… kdo to je, kde to je?“, tak bychom moc šancí na získání grantu neměli. My jsme si viditelnou pozici za ty roky už vybudovali, takže by se na to ptát neměli.

Na pardubické univerzitě jste studoval a v průběhu Vaší vědecké kariéry jste absolvoval několik kratších stáží, ale vždy jste se pak vrátil do zpět. Přemýšlel jste někdy nad tím, že byste Pardubice opustil na delší dobu?

Samozřejmě že jsem takovou myšlenku v průběhu let zvažoval. Absolvoval jsem několik kratších stáží, vždy jsem ale měl hodně kontaktů a spoluprací se zahraničními kolegy. Dnes je mi 51 let, mám v Pardubicích rodinu, děti a zázemí a fungující skupinu. Už to asi nebudu měnit a zůstanu tu až do konce. Jsem takový ten typicky nedobrý příklad vědce, který svou kariéru započal a pravděpodobně i skončí na stejném místě.

Lze se na to podívat i opačně a říci, že jste dobrý příklad toho, jak člověk může vybudovat úspěšnou skupinu, aniž by strávil dlouhé roky v zahraničí?

Každý si může zvolit jinou cestu a uzpůsobit si ji svým podmínkám a aktuální situaci. Nechtěl bych svůj postup vnucovat jako univerzální řešení. Je ale nutné mít zahraniční kontakty a naučit se něco jinde. Já osobně jsem začínal jsem ve skupině prof. Jandery, vědce světové úrovně a jedné z nejvýraznějších osobností Pardubické univerzity. Měl jsem štěstí, že v jeho skupině byl instalován první kapalinový chromatograf spojený s hmotnostním spektrometrem v celé České republice. Když jsem vyjel na stáž, tak tam většinou neměli lepší vybavení, ani jsem na něm neměl tolik času k měření. Měl jsem tu skvělé podmínky.

Aplikace? Veliké zadostiučinění

A těch jste dokázal využít. Výsledky Vašeho primárního výzkumu by také mohly být za několik let aplikované do praxe…

V roce 2017 dostala rakouská kolegyně, která u nás byla teprve 3 měsíce, unikátní soubor vzorků pacientů s rakovinou slinivky a zdravých kontrol. Během pár měsíců naměřila naprosto perfektní data a když mi ukázala výsledky statistického modelu, tak jsem si okamžitě uvědomil, že je to něco převratného. Nechal jsem ji to celé přeměřit znovu a pak ověřit i jinou technikou a výsledky byly stále stejné. Vždy jsem byl akademik, nikdy jsem neměl ambice dělat aplikovaný výzkum, ale už v lednu 2018 jsme podali první patent (dnes už přijatý) a půl roku na to další, u kterého máme potvrzeno, že bude také přijatý. Pokračujeme komerční větví a Univerzita Pardubice ve spolupráci s firmou FONS založila spin-off firmu Lipidica, jejímž cílem je převést test na detekci rakoviny do klinické praxe. Je to jakási paralelní větev ke grantovém projektu ERC, který si klade za cíl prozkoumat mechanizmus těchto změn.

Aplikace výsledků základního výzkumu do praxe zní jako splněný sen každého vědce…

Řekl bych, že ve srovnání se mnou je spousta lepších vědců, kteří dělají vynikající základní výzkum, ale já měl to štěstí, že děláme výzkum, který je aplikovatelný i srozumitelný laické veřejnosti. Když jsme dostali šanci a zjistili jsme, že bychom naše poznatky mohli využít ke včasné diagnostice některých typů rakoviny, tak tu příležitost nemůžeme promarnit. Už jsme do toho investovali spoustu času a peněz a já vnímám jako svoji velkou zodpovědnost dotáhnout klinické zkoušky do konce.

Jak si tedy představujete budoucí využití Vaší metody?

Pokud vše bude fungovat podle našich představ a metoda projde klinickou validací, a já pevně věřím, že to tak bude, tak by se náš test mohl uplatnit jako oficiální národní screening pro karcinom pankreatu pro rizikové skupiny v České republice a následně pak v dalších zemích. Přiznávám, že z té představy mám velkou radost a je to takové osobní zadostiučinění.

Vědavýzkum.cz
 

Mohlo by Vás zajímat

USP-Compliant Analysis of Antibody Drugs Using Size-Exclusion Chromatography (SEC)

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
GPC/SEC
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

ACQUITY QDa II Mass Detector brochure

Brožury a specifikace
| 2024 | Waters
Instrumentace
LC/MS, LC/SQ
Výrobce
Waters
Zaměření
Ostatní

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika
 

Podobné články


Článek | Akademie

Titrace - definice a principy

Titrace je jednou z nejstarších analytických metod, která nachází uplatnění v různých průmyslových odvětvích. Tento příspěvek se zabývá principem titrace, jejím průběhem a popisem různých typů titrací.
Metrohm Česká republika
more

Článek | Produkt

Metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství mykotoxinů a toxinů v potravinách

Nová prováděcí nařízení komise [(EU) 2023/2782, (EU) 2023/2783], která stanovují metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství rostlinných toxinů a mykotoxinů v potravinách.
ALS Czech Republic
more

Článek | Různé

Středoškolská odborná činnost neboli SOČ – brána do světa vědy

Středoškolská odborná činnost má v ČR dlouhou tradici, s každoroční účastí více než tisíce studentů. Nejlepší řešitelé se účastní mezinárodních soutěží. Přesto není dostatečně státem finančně podporována.
Vědavýzkum.cz
more

Video | Osobnosti

Podcast CHEmic #28 – Věda je život mezi extází a depresí, ale neměnila bych, říká Marcela Krečmerová

Marcela Krečmerová pracovala v laboratoři Antonína Holého a navazuje na výzkum Aloise Pískaly. Věnuje se nukleosidové chemii a je hostem podcastu CHEmic.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
more
 

Mohlo by Vás zajímat

USP-Compliant Analysis of Antibody Drugs Using Size-Exclusion Chromatography (SEC)

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
GPC/SEC
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

ACQUITY QDa II Mass Detector brochure

Brožury a specifikace
| 2024 | Waters
Instrumentace
LC/MS, LC/SQ
Výrobce
Waters
Zaměření
Ostatní

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika
 

Podobné články


Článek | Akademie

Titrace - definice a principy

Titrace je jednou z nejstarších analytických metod, která nachází uplatnění v různých průmyslových odvětvích. Tento příspěvek se zabývá principem titrace, jejím průběhem a popisem různých typů titrací.
Metrohm Česká republika
more

Článek | Produkt

Metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství mykotoxinů a toxinů v potravinách

Nová prováděcí nařízení komise [(EU) 2023/2782, (EU) 2023/2783], která stanovují metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství rostlinných toxinů a mykotoxinů v potravinách.
ALS Czech Republic
more

Článek | Různé

Středoškolská odborná činnost neboli SOČ – brána do světa vědy

Středoškolská odborná činnost má v ČR dlouhou tradici, s každoroční účastí více než tisíce studentů. Nejlepší řešitelé se účastní mezinárodních soutěží. Přesto není dostatečně státem finančně podporována.
Vědavýzkum.cz
more

Video | Osobnosti

Podcast CHEmic #28 – Věda je život mezi extází a depresí, ale neměnila bych, říká Marcela Krečmerová

Marcela Krečmerová pracovala v laboratoři Antonína Holého a navazuje na výzkum Aloise Pískaly. Věnuje se nukleosidové chemii a je hostem podcastu CHEmic.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
more
 

Mohlo by Vás zajímat

USP-Compliant Analysis of Antibody Drugs Using Size-Exclusion Chromatography (SEC)

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
GPC/SEC
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

ACQUITY QDa II Mass Detector brochure

Brožury a specifikace
| 2024 | Waters
Instrumentace
LC/MS, LC/SQ
Výrobce
Waters
Zaměření
Ostatní

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika
 

Podobné články


Článek | Akademie

Titrace - definice a principy

Titrace je jednou z nejstarších analytických metod, která nachází uplatnění v různých průmyslových odvětvích. Tento příspěvek se zabývá principem titrace, jejím průběhem a popisem různých typů titrací.
Metrohm Česká republika
more

Článek | Produkt

Metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství mykotoxinů a toxinů v potravinách

Nová prováděcí nařízení komise [(EU) 2023/2782, (EU) 2023/2783], která stanovují metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství rostlinných toxinů a mykotoxinů v potravinách.
ALS Czech Republic
more

Článek | Různé

Středoškolská odborná činnost neboli SOČ – brána do světa vědy

Středoškolská odborná činnost má v ČR dlouhou tradici, s každoroční účastí více než tisíce studentů. Nejlepší řešitelé se účastní mezinárodních soutěží. Přesto není dostatečně státem finančně podporována.
Vědavýzkum.cz
more

Video | Osobnosti

Podcast CHEmic #28 – Věda je život mezi extází a depresí, ale neměnila bych, říká Marcela Krečmerová

Marcela Krečmerová pracovala v laboratoři Antonína Holého a navazuje na výzkum Aloise Pískaly. Věnuje se nukleosidové chemii a je hostem podcastu CHEmic.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
more
 

Mohlo by Vás zajímat

USP-Compliant Analysis of Antibody Drugs Using Size-Exclusion Chromatography (SEC)

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
GPC/SEC
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Farmaceutická analýza

ACQUITY QDa II Mass Detector brochure

Brožury a specifikace
| 2024 | Waters
Instrumentace
LC/MS, LC/SQ
Výrobce
Waters
Zaměření
Ostatní

Analysis of Per- and Polyfluoroalkyl Substances in Fast Food Packaging by LC-MS/MS Method

Aplikace
| 2024 | Shimadzu
Instrumentace
LC/MS, LC/MS/MS, LC/QQQ
Výrobce
Shimadzu
Zaměření
Potraviny a zemědělství

Watrex product catalog 2024

Brožury a specifikace
| 2024 | Watrex Praha
Instrumentace
HPLC, GPC/SEC, Příprava vzorků, LC kolony, Spotřební materiál
Výrobce
Watrex Praha
Zaměření
Ostatní

IMPACT OF HPLC INSTRUMENTATION ON NON- SPECIFIC ADSORPTION OF PEPTIDES

Postery
| 2024 | Waters (Analytica)
Instrumentace
HPLC
Výrobce
Waters
Zaměření
Proteomika
 

Podobné články


Článek | Akademie

Titrace - definice a principy

Titrace je jednou z nejstarších analytických metod, která nachází uplatnění v různých průmyslových odvětvích. Tento příspěvek se zabývá principem titrace, jejím průběhem a popisem různých typů titrací.
Metrohm Česká republika
more

Článek | Produkt

Metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství mykotoxinů a toxinů v potravinách

Nová prováděcí nařízení komise [(EU) 2023/2782, (EU) 2023/2783], která stanovují metody odběru vzorků a analýzy pro kontrolu množství rostlinných toxinů a mykotoxinů v potravinách.
ALS Czech Republic
more

Článek | Různé

Středoškolská odborná činnost neboli SOČ – brána do světa vědy

Středoškolská odborná činnost má v ČR dlouhou tradici, s každoroční účastí více než tisíce studentů. Nejlepší řešitelé se účastní mezinárodních soutěží. Přesto není dostatečně státem finančně podporována.
Vědavýzkum.cz
more

Video | Osobnosti

Podcast CHEmic #28 – Věda je život mezi extází a depresí, ale neměnila bych, říká Marcela Krečmerová

Marcela Krečmerová pracovala v laboratoři Antonína Holého a navazuje na výzkum Aloise Pískaly. Věnuje se nukleosidové chemii a je hostem podcastu CHEmic.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
more
Další projekty
Sledujte nás
Další informace
WebinářeO násKontaktujte násPodmínky užití
LabRulez s.r.o. Všechna práva vyhrazena. Obsah dostupný pod licencí CC BY-SA 4.0 Uveďte původ-Zachovejte licenci.