Targeted Multi-OMICS: Rapid Plasma Profiling of a Bladder and Lung Cancer Human Cohort
Postery | 2019 | WatersInstrumentace
Targeted Multi-OMICS profilování plasmy umožňuje rychlou a komplexní analýzu biomarkerů u pacientů s rakovinou močového měchýře a plic, což usnadňuje diagnostiku a personalizovanou medicínu.
Cílem bylo vyvinout workflow pro cílenou analýzu aminokyselin, acylkarnitinů a proteinů v plazmě lidské kohorty a ověřit schopnost detekce a diferenciace biomarkerů mezi kontrolními a onemocnělými vzorky.
Pokročilý cílený multi-omics workflow pro plasmatickou analýzu prokázal vysokou přesnost, opakovatelnost a schopnost rozlišit pacienty s rakovinou močového měchýře a plic, čímž nabízí perspektivu pro klinické nasazení a výzkum biomarkerů.
LC/MS, LC/MS/MS
ZaměřeníKlinická analýza
VýrobceWaters
Souhrn
Význam tématu
Targeted Multi-OMICS profilování plasmy umožňuje rychlou a komplexní analýzu biomarkerů u pacientů s rakovinou močového měchýře a plic, což usnadňuje diagnostiku a personalizovanou medicínu.
Cíle a přehled studie
Cílem bylo vyvinout workflow pro cílenou analýzu aminokyselin, acylkarnitinů a proteinů v plazmě lidské kohorty a ověřit schopnost detekce a diferenciace biomarkerů mezi kontrolními a onemocnělými vzorky.
Použitá metodika a instrumentace
- Příprava vzorků plazmy optimalizovanými protokoly pro jednotlivé skupiny analytů.
- LC/MS platforma Waters Single Platform Targeted OMICS (MetaboQuan-R) s UPLC kolonnou a jednotnou mobilní fází.
- Softwarová analýza dat: Skyline, TargetLynx a MetaboAnalyst.
Hlavní výsledky a diskuse
- Detekce 128 analytů (28 aminokyselin, 20 acylkarnitinů, zbytek proteiny) s mediánovým CV ~5 % pro interní standard.
- Vysoké chromatografické rozlišení pro všechny analyty bez nutnosti měnit mobilní fázi.
- Aminokyseliny: sarcosin výrazně nadexprimován u rakoviny močového měchýře i plic (t-test, FDR ≤0,01).
- Acylkarnitiny: oktanoyl-karnitin (C8:1) podexprimován u rakoviny močového měchýře; u rakoviny plic méně jednoznačné výsledky.
- Proteiny: vybrané bílkoviny vykázaly výrazné změny (volcano plot), identifikující potenciální biomarkery.
Přínosy a praktické využití metody
- Rychlá a citlivá simultánní analýza metabolitů a proteinů na jedné platformě.
- Standardizované workflow pro klinické a výzkumné laboratoře.
- Podpora personalizovaného sledování nových biomarkerů u onkologických pacientů.
Budoucí trendy a možnosti využití
- Rozšíření panelu analytů o další metabolity a proteiny pro komplexnější profil onkologických biomarkerů.
- Integrace s dalšími OMICS oblastmi (transkriptomika, lipidomika) pro vícerozměrnou diagnostiku.
- Automatizace přípravy vzorků a zpracování dat pro zvýšení propustnosti a reproducibility.
Závěr
Pokročilý cílený multi-omics workflow pro plasmatickou analýzu prokázal vysokou přesnost, opakovatelnost a schopnost rozlišit pacienty s rakovinou močového měchýře a plic, čímž nabízí perspektivu pro klinické nasazení a výzkum biomarkerů.
Reference
- Lennon S., Molloy B.J. Targeted Multi-OMICS: Rapid Plasma Profiling of a Bladder and Lung Cancer Human Cohort. Waters Corporation, 2019.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
Rapid Molecular Profiling of a Bladder and Lung Cancer Human Plasma Cohort using MetaboQuan-R
2019|Waters|Aplikace
[ APPLICATION NOTE ] Rapid Molecular Profiling of a Bladder and Lung Cancer Human Plasma Cohort using MetaboQuan-R Sarah Lennon, 1 Billy Joe Molloy,1 Lee A. Gethings,1 Robert S. Plumb 2 Waters Corporation, Wilmslow, UK 2 Waters Corporation, Milford, MA,…
Klíčová slova
metaboquan, metaboquanbladder, bladdercancer, cancerlung, lungcohort, cohortapolipoprotein, apolipoproteinplasma, plasmamarkers, markersrapid, rapidprofiling, profilinghuman, humanquanpedia, quanpediamolecular, molecularskyline, skylinewere
TARGETED MULTI-OMICS: RAPID PLASMA PROFILING OF A BLADDER AND LUNG CANCER HUMAN COHORT
2019|Waters|Postery
TARGETED MULTI-OMICS: RAPID PLASMA PROFILING OF A BLADDER AND LUNG CANCER HUMAN COHORT Sarah Lennon1, Billy J. Molloy1, Lee A Gethings1, Robert S. Plumb2, Andrew Peck2 1 Waters Corporation, Wilmslow, United Kingdom; 2Waters Corporation, Milford, MA INTRODUCTION Cancer is one…
Klíčová slova
lung, lungbladder, bladdercancer, cancerbile, bilecarcinoma, carcinomaurothelial, urothelialmetaboquan, metaboquanshown, shownacids, acidsshow, showpapillary, papillaryobserved, observedsignificant, significantsquamous, squamousassay
Automating MetaboQuan-R and LipidQuan Data Processing with Symphony
2019|Waters|Technické články
[ TECHNOLOGY BRIEF ] Automating MetaboQuan-R and LipidQuan Data Processing with Symphony Sarah Lennon, Nyasha Munjoma, Barry Dyson, Alexander Hooper, and Lee Gethings Waters Corporation, Wilmslow, UK Increase throughput of MetaboQuan-R and LipidQuan assays with automation of the data processing…
Klíčová slova
symphony, symphonymetaboquan, metaboquanpipeline, pipelineskyline, skylinecopy, copydata, dataprocessing, processinglipidquan, lipidquanmetaboanalyst, metaboanalystdaily, dailyload, loadtargetlynx, targetlynxassays, assaysbrief, briefgenerate
CHARACTERIZING LUNG CANCER USING A HIGH THROUGHPUT METABOLOMICS SCREEN
2019|Waters|Postery
CHARACTERIZING LUNG CANCER USING A HIGH THROUGHPUT METABOLOMICS SCREEN Robert S. Plumb1, Lee A Gethings2, Andrew Peck1 1 Waters Corporation, Milford, MA; 2Waters Corporation, Wilmslow, United Kingdom INTRODUCTION Lung cancer is one of the most common and serious forms of…
Klíčová slova
lung, lungbile, bilecancer, canceracylcarnitines, acylcarnitinesacids, acidsshown, shownhealthy, healthyshow, showsquamous, squamousmetaboquan, metaboquanvariation, variationdysregulation, dysregulationadenocarcinoma, adenocarcinomawhisker, whiskercarcinoma
