Solutions Rename filenames by folder names

Význam tématu

Správná organizace a přejmenování exportovaných chromatogramů ve formátu AIA (*.cdf) je klíčová pro automatizované zpracování dat, zejména při importu do systémů jako Clarity. Ruční přejmenovávání a přesun jednotlivých souborů je časově náročný a náchylný k chybám, proto je vhodné využít dávkové zpracování.

Cíle a přehled článku

Hlavním cílem je představit jednoduché řešení ve formě dávkového skriptu rename-aia.bat, který automaticky:

• rozpozná bitovou verzi operačního systému,
• přejmenuje soubory podle názvu nadřazené složky chromatogramu,
• přesune je do jednoho výstupního adresáře,
• odstraní prázdné složky.

Ukázka vychází z aplikace Bulk Rename Utility (BRC) v příkazové verzi a demonstračních dat dostupných ke stažení.

Použitá metodika a instrumentace

Metodika:

• Export chromatogramů z ChemStation do struktury složek dle jednotlivých běhů.
• Vyvolání dávkového skriptu rename-aia.bat, který ve vybraném vstupním adresáři automaticky přejmenuje a seskupí soubory.
• Volitelné odstranění prázdných složek po přesunu dat.

Instrumentace:

• Bulk Rename Utility (příkazová verze BRC) – pro hromadné přejmenování souborů.
• Dávkový skript rename-aia.bat – kontrola OS, konfigurace vstupního a výstupního adresáře, volby přejmenování, přesunu a mazání složek.

Hlavní výsledky a diskuse

Implementovaný skript umožňuje během několika sekund zajistit:

• automatické rozpoznání 32/64bitové verze Windows a odpovídající výběr BRC nástroje,
• přejmenování souborů signalXX.cdf na formát podle názvu chromatogramu (např. chromA_01.cdf),
• sloučení všech souborů do jednoho adresáře připraveného k importu do Clarity,
• úklid původních složek odstraněním prázdných adresářů.

Diskuse ukazuje, že nástroj výrazně snižuje riziko lidské chyby a urychluje předzpracování dat. Komerční licence BRC je nutná při použití v podnikovém prostředí.

Přínosy a praktické využití metody

Automatizované řešení přináší:

• úsporu času laboratorních pracovníků,
• standardizaci názvů a struktury souborů,
• bezproblémový import do analýzního softwaru Clarity,
• snížení chybovosti při velkém objemu dat.

Budoucí trendy a možnosti využití

Další rozvoj může zahrnovat:

• rozšíření skriptu pro jiné formáty a instrumentální platformy,
• integraci do laboratorních informačních systémů (LIMS),
• implementaci pokročilejší logiky v Pythonu nebo PowerShellu,
• grafické uživatelské rozhraní pro snadné nasazení koncovými uživateli.

Závěr

Představený dávkový skript simplifikuje a automatizuje rutinní operace spojené s exportem a přípravou chromatogramů z ChemStation. Díky použití Bulk Rename Utility lze efektivně přejmenovat, přesunout a vyčistit datovou strukturu pro další zpracování v Clarity. Tím se výrazně zkracuje doba přípravy dat a minimalizuje riziko lidské chyby.