Data Processing Using Thermo Freestyle Software with NIST MSMS Search for Compound Identifications (Setting Up NIST Search and Freestyle Parameters)

Význam tématu

Analýza sloučenin pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie (MS/MS) se stala klíčovou metodou v oblasti identifikace malých molekul, biopolymerů a komplexních směsí. Správné nastavení workflow v softwaru Thermo Freestyle a v NIST MSMS Search zajišťuje vysokou přesnost měření, spolehlivost vyhledávání v referenčních knihovnách a optimální filtraci šumu.

Cíle a přehled studie

Autor článku podává podrobný návod pro konfiguraci interního i externího vyhledávání v NIST knihovnách pomocí Thermo Freestyle. Popsány jsou kroky od otevření spektra MS2, exportu dat, nastavení parametrů až po ukládání pracovních konfigurací pro opakované použití.

Použitá instrumentace

• Hmotnostní spektrometr Thermo Orbitrap pro MS/MS
• Softwarová platforma Thermo Freestyle pro zpracování dat
• NIST Mass Spectral Search Program v.3.0 (pro externí MS/MS hledání) a v.2.4 (pro tandemové knihovny)

Hlavní výsledky a diskuse

• Nastavení exportu s přesností 4 desetinných míst pro m/z hodnoty
• Volba režimu MS/MS („Make Default“) v interním NIST vyhledávání
• Konfigurace tolerancí prekurzorových a produktových iontů podle typu analyzátoru
• Využití filtrů ke zjednodušení výsledků (vyloučení MS3+ spekter, Best Matching Only)
• Možnost hybridního hledání (Similarity/Hybrid) pro identifikaci příbuzných sloučenin

Přínosy a praktické využití metody

• Zefektivnění identifikace malých molekul v komplexních vzorcích
• Zvýšení reprodukovatelnosti výsledků díky standardizovaným nastavením
• Rychlá výměna mezi vendorovým softwarem a externím NIST vyhledáváním
• Účinná potlačení šumu a nízkointenzitních signálů

Budoucí trendy a možnosti využití

• Rozšíření a obohacení tandemových knihoven o nové HRAM spektra
• Integrace strojového učení pro automatické návrhy optimálních parametrů
• Automatizace ukládání a obnovy konfigurací pro různá workflow
• Propojení cloudových databází pro sdílení a aktualizaci spekter

Závěr

Konfigurační postup popsaný autorem umožňuje spolehlivou a efektivní identifikaci sloučenin s vysokou přesností a opakovatelností. Pečlivé nastavení filtrů a tolerancí přispívá ke kvalitě výsledných dat a usnadňuje práci s velkým objemem spektroskopických dat.