Evotip Pure brings innovative sample storage and introduction to high-sensitivity and scalable LC-MS workflows

Význam tématu

Efektivní zpracování vzorků a minimalizace ztrát při analýze nízko objemových a nízko hmotnostních vzorků je klíčová pro vysoce citlivou LC-MS, zejména v oblasti single-cell proteomiky. Kompletní integrace přípravy vzorku s chromatografickou separací snižuje počet manipulačních kroků, čímž se zlepšuje reprodukovatelnost a návratnost analyzovaných peptidů.

Cíle a přehled studie

Studie hodnotí schopnost technologie Evotip Pure usnadnit zachycení, koncentraci a uložení nízko hmotnostních vzorků (HeLa a plazmatické digesty) a ověřuje její vliv na výkon vysoce citlivých proteomických workflow. Dále je analyzována robustnost, přenositelnost objemů a úroveň carryover.

Použitá metodika a instrumentace

Pro přípravu peptidových digesů HeLa a plazmy byla použita metoda protein aggregation capture na mikročásticích. Analýzy byly provedeny na hmotnostním spektrometru timsTOF pro 2 v režimu dia-PASEF s kolonkou Aurora Rapid75 (50 °C) a metodami Whisper Zoom 80 SPD a 120 SPD. Data byla vyhodnocena v DIA-NN v režimu library-free proti human proteomu UniProt s MBR.

Hlavní výsledky a diskuse

• Koncentrace vzorků: 250 pg HeLa bylo úspěšně naloženo v objemu 1–160 µl bez ztráty signálu, což potvrzuje efektivitu koncentrace vzorků.
• Carryover: Nízké hodnoty pod 1 % u 250 pg HeLa a pod 0,6 % u 50 ng plazmy, díky jednorázovému použití a konceptu trap kolonek.
• Robustnost: Tlak pumpy a retence pěti HeLa peptidů zůstaly stabilní během 340 sekvenčních běhů (SD ~2 s).
• Ukládání vzorků: Více než 90 % prekurzorů bylo zachováno po 48 hodinách na Evotipu a přibližně 75 % po 72 hodinách.
• Vliv DDM: Přítomnost 0,015 % n-dodecyl-β-D-maltosidu zlepšuje identifikace prekurzorů a kvantitativní přesnost při nízkých nálohách bez negativního dopadu na skladování.

Přínosy a praktické využití metody

Evotip Pure umožňuje snadnou manipulaci s nízkými hmotnostmi vzorků, minimalizuje ztráty na plastu a zajišťuje konzistentní koncentraci a nízké carryover. Díky tomu je ideální pro vysoce citlivá a škálovatelná proteomická měření včetně single-cell analýz.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozvoj automatizace přípravy vzorků, integrace Evotip Pure s robotickými platformami a optimalizace povrchových úprav pro ještě vyšší účinnost extrakce peptidů z ultranízkových náloh. Metoda může být rozšířena i na další typy biomarkerů a aplikace v klinické či průmyslové analytice.

Závěr

Evotip Pure představuje klíčovou komponentu pro výkonné LC-MS workflow, kombinuje vysokou citlivost, spolehlivost a škálovatelnost. Jednorázové trap kolonky, možnost koncentrace vzorků a stabilní uložení vzorků prodlužují životnost analytických systémů a zlepšují reprodukovatelnost výsledků.

Reference

• Batth TS, Tollenaere M, Rüther P, Gonzalez-Franquesa A, Prabhakar BS, Bekker-Jensen S, Deshmukh AS, Olsen JV (2019) Protein Aggregation Capture on Microparticles Enables Multipurpose Proteomics Sample Preparation. Mol Cell Proteomics, mcp.TIR118.001270.