Mnova Gears – Affinity Screen (Starting Guide)

Význam tématu

Affinity Selection Mass Spectrometry (AS-MS) představuje klíčovou technologii pro studium interakcí protein–ligand, která umožňuje rychlou a selektivní detekci vazebných událostí v komplexních směsích. Automatizace zpracování AS-MS dat pomocí softwaru Affinity Screen významně zrychluje a zjednodušuje analýzu, zvyšuje reproducibilitu výsledků a minimalizuje chybovost způsobenou manuální interpretací.

Cíle a přehled studie / článku

Účelem dokumentu je představit uživatelský průvodce softwaru Affinity Screen, který je integrován do platformy Mnova Gears. Průvodce popisuje:

• Instalaci a aktivaci pluginu Affinity Screen.
• Nastavení vstupních dat (LC-MS soubory a soubor s popisem ligandské knihovny).
• Konfiguraci procesu analýzy, kontroly kvality a výstupního reportingu.
• Přehled generovaných výstupů a způsob jejich interpretace v Mgears Vieweru a v samostatném Affinity Screen Vieweru.

Použitá metodika a instrumentace

• Platforma: Mnova MSChrom (v.≥15.0) a modul Mgears (v.≥2.5).
• Plugin Affinity Screen pro automatizaci třídění, vyhledávání EIC špiček a vyhodnocení interakcí protein–ligand.
• Vstupní data: LC-MS soubory z lokálních adresářů, strukturované regulárními výrazy pro rozlišení „bound“, „unbound“ a „reference“ vzorků.
• Parametry zpracování: nastavení tolerance hmotnostního rozdílu, detekce a přiřazení špiček, prahování pro oblast a výšku špiček.
• Scoring: definice funkce pro výpočet poměru „Bound/Unbound“ či jiných uživatelských matematických výrazů s možností kvalifikátorů („min“, „max“).
• Kontroly kvality: testy překrytí izotopů, duplicity sloučenin, chybějící či neusazené špičky s prahováním a barevným označením.

Hlavní výsledky a diskuse

Software Affinity Screen poskytuje:

• Automatické seskupení vstupních LC-MS dat podle definovaných výrazů a rolí (Reference, Bound, Unbound).
• Generování chromatogramů EIC, identifikaci a kvantifikaci špiček a vyhodnocení ligandů pomocí zvolené scoringové funkce.
• Komplexní reportování: HTML souhrn s vizualizací frakcí ligandů, PDF/Mnova dokumenty s chromatogramy a tabulkami, CSV výstup s detaily každého ligandu.
• Interaktivní Mgears Viewer: komplexní pohled na všechny vzorky ve formátu virtuální 96-destičky, grafické indikátory počtu hitů, matchí a kontrolních vlajek.
• Detailní Affinity Screen Viewer: náhled molekulárních struktur, EIC chromatogramů, tabulky přiřazených i ne-přiřazených špiček, možnost manuálních úprav a automatické přepočítání výsledků.

Přínosy a praktické využití metody

• Zvýšení throughputu a konzistence analýzy interakcí protein–ligand v HTS projektech.
• Snížení rizika chyb způsobených ručním zpracováním a interpretací dat.
• Možnost snadného auditovatelného reportingu pro QA/QC v průmyslových a akademických laboratořích.
• Flexibilita nastavení scoringu a kontrol kvality dle specifických potřeb projektu.

Budoucí trendy a možnosti využití

Další rozvoj by mohl zahrnovat:

• Integraci strojového učení pro inteligentní rozpoznávání vzorů špiček a přesnější eliminaci rušivých signálů.
• Podporu dalších experimentálních modalit (např. proteomické datové sady, ion mobility spectrometry).
• Online workflow pro okamžité vyhodnocení v reálném čase během akvizice dat.
• Propojení s databázemi ligandů a cheminformatickými platformami pro automatickou anotaci a virtualizaci struktur.

Závěr

Affinity Screen v rámci Mnova Gears představuje robustní, modulární a uživatelsky přívětivý nástroj pro automatizovanou analýzu AS-MS dat. Umožňuje efektivní identifikaci a kvantifikaci ligandů, poskytuje komplexní reporting a interaktivní prohlížení výsledků, což významně zrychluje vývojové a screeningové projekty v oblasti farmaceutického výzkumu a proteomiky.

Reference

V textu nejsou explicitně uvedeny literární odkazy.