Multi-omics Analysis Packag

Význam tématu

Massová spektrometrie v kombinaci s chromatografií generuje rozsáhlé datové soubory, jejichž efektivní analýza je klíčová pro výzkum metabolomiky, proteomiky a flux analýzu. Automatická vizualizace na metabolických mapách a pokročilé statistické nástroje umožňují rychlou identifikaci významných změn ve složení vzorků, což přináší přidanou hodnotu v oblasti farmaceutického vývoje, funkcionalizovaných potravin a bioinženýrství.

Cíle a přehled článku

Článek představuje software Multi-omics Analysis Package od společnosti Shimadzu, který integruje různé typy MS dat a nabízí intuitivní workflow od importu naměřených dat až po vizualizaci a statistickou analýzu. Cílem je zrychlit a zjednodušit práci vědců při odhalování klíčových metabolických změn.

Použitá metodika a instrumentace

Software využívá předpřipravené method packages pro LC-MS primární metabolity, lipidové mediátory, žlučové kyseliny a GC-MS Smart Metabolites Database. Analytická data se importují z přístrojů:

• LC-QTOF/MS
• LC-MS/MS
• GC-MS/MS

Pro zpracování a vizualizaci dat jsou integrovány nástroje platformy GARUDA:

• Volcano Plot – pro t-test a fold-change analýzu dvou skupin
• EasyStats – PCA, HCA a box ploty pro vícenásobné porovnání
• VANTED – zobrazení dat v síťových metabolických mapách
• Cytoscape – integrace genové exprese a metabolických cest

Hlavní výsledky a diskuse

Software umožňuje:

• Rychlé projekce kvantitativních změn na mapu metabolických drah
• Jednoduchou extrakci statisticky významných metabolitů pomocí propojených grafů
• Customizaci vizualizačních šablon pro různé druhy analyzovaných sloučenin

Ukázkové aplikace zahrnují analýzu lipidových mediátorů v lidské plazmě, primárních metabolitů E. coli a kvasinek, metabolitů iPS buněk, žlučových kyselin a mutantních Drosophila.

Přínosy a praktické využití metody

Implementace Multi-omics Analysis Package zkracuje čas potřebný pro interpretaci rozsáhlých dat, zvyšuje reprodukovatelnost a usnadňuje komunikaci výsledků mezi laboratořemi. Aplikace nalézá uplatnění ve farmakologickém vývoji, výzkumu výživových doplňků a průmyslové biotech.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozšíření integrace s genomickými a transkriptomickými daty, podpora strojového učení pro predikci buněčných stavů a rozvoj cloudových řešení pro kolaborativní analýzu multi-omics dat.

Závěr

Multi-omics Analysis Package představuje komplexní platformu pro propojení různých omics disciplín, která díky automatizované vizualizaci a statistickým nástrojům významně urychluje a zkvalitňuje analýzu masových dat v životních vědách.

Reference

V původním textu nebyly uvedeny samostatné bibliografické odkazy.