Converting NIST User Library to Wiley User Library
Prezentace | 2022 | James Little/Mass Spec Interpretation ServicesInstrumentace
Převod uživatelských knihoven NIST do formátu Wiley umožňuje sjednotit spektrální databáze, zvýšit kompatibilitu analytických nástrojů a zefektivnit pracovní postupy v hmotnostní spektrometrii.
Cílem je popsat krok za krokem proces konverze NIST uživatelské knihovny do formátu Wiley v softwaru KnowItAll, včetně exportu dat, importu, mapování polí a finální optimalizace databáze pro vyhledávání spekter.
Konverze a zpracování proběhly za použití následujících nástrojů:
Postup zahrnoval export NIST knihovny, vytvoření lokální databáze v MineIt, mapování vlastností polí a následnou kompakci výsledné databáze.
Byl vyvinut ověřený workflow pro převod uživatelských knihoven:
Navíc autor zpřístupnil bezplatné MoNA EI knihovny v obou formátech pro širší komunitu.
Metoda usnadňuje sdílení spektrálních dat mezi různými platformami, zrychluje tvorbu a údržbu vlastních knihoven a zajišťuje jednotné a rychlé vyhledávání spekter v populárním software KnowItAll.
Další rozvoj nástrojů pro konverzi a standardizaci formátů podpoří otevřený přístup ke spektrálním databázím, umožní propojení s cloudovými službami a aplikaci strojového učení pro automatizovanou identifikaci neznámých sloučenin.
Popisovaný postup poskytuje robustní a ověřený workflow pro převod uživatelských knihoven mezi formáty NIST a Wiley, čímž usnadňuje integraci spektrálních dat v analytické praxi.
Software
ZaměřeníVýrobceWiley
Souhrn
Význam tématu
Převod uživatelských knihoven NIST do formátu Wiley umožňuje sjednotit spektrální databáze, zvýšit kompatibilitu analytických nástrojů a zefektivnit pracovní postupy v hmotnostní spektrometrii.
Cíle a přehled studie
Cílem je popsat krok za krokem proces konverze NIST uživatelské knihovny do formátu Wiley v softwaru KnowItAll, včetně exportu dat, importu, mapování polí a finální optimalizace databáze pro vyhledávání spekter.
Použitá metodika a instrumentace
Konverze a zpracování proběhly za použití následujících nástrojů:
- NIST utility Lib2NIST pro export knihovny do formátu SDF
- Software Wiley KnowItAll MineIt pro vytvoření nové databáze a import SDF souboru
- Formát SDF pro přenos struktury sloučenin, iontů a intenzit v ASCII textu
Postup zahrnoval export NIST knihovny, vytvoření lokální databáze v MineIt, mapování vlastností polí a následnou kompakci výsledné databáze.
Hlavní výsledky a diskuse
Byl vyvinut ověřený workflow pro převod uživatelských knihoven:
- Správné namapování klíčových polí (např. Exact Mass, InChIKey, MS Peak Lists)
- Identifikace a eliminace rizika zaškrtnutého parametru "Store as Numeric Value", který by znemožnil tvorbu databáze
- Optimalizace databáze kompakcí a ověření funkčnosti vyhledávání ve Wiley prostředí
Navíc autor zpřístupnil bezplatné MoNA EI knihovny v obou formátech pro širší komunitu.
Přínosy a praktické využití metody
Metoda usnadňuje sdílení spektrálních dat mezi různými platformami, zrychluje tvorbu a údržbu vlastních knihoven a zajišťuje jednotné a rychlé vyhledávání spekter v populárním software KnowItAll.
Budoucí trendy a možnosti využití
Další rozvoj nástrojů pro konverzi a standardizaci formátů podpoří otevřený přístup ke spektrálním databázím, umožní propojení s cloudovými službami a aplikaci strojového učení pro automatizovanou identifikaci neznámých sloučenin.
Závěr
Popisovaný postup poskytuje robustní a ověřený workflow pro převod uživatelských knihoven mezi formáty NIST a Wiley, čímž usnadňuje integraci spektrálních dat v analytické praxi.
Reference
- Little J., Converting NIST User Library to Wiley User Library, Mass Spec Interpretation Services, 2022
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Podobná PDF
LC/MS Unknown Identifications Using MSMS Libraries Part VII: Using and Creating Other MSMS Libraries
2020|Wiley|Prezentace
LC/MS Unknown Identifications Using MSMS Libraries Part VII: Using and Creating Other MSMS Libraries 12/27/20 James Little [email protected] https://littlemsandsailing.wordpress.com/ Kingsport, TN Retired* Research Fellow, Eastman Chem. Co. 42 years experience unknown identification Now Consultant, MS Interpretation Services Specialties1 EI GC-MS,…
Klíčová slova
msms, msmslibrary, librarynist, nistlibraries, librarieslmb, lmbmona, monasearch, searchentries, entriesuser, userspectrum, spectrumeastman, eastmanmsp, mspformat, formatsearches, searchesstructure
Making User Library Using PubChem & MS Interpreter
2022|Wiley|Prezentace
Sept 18, 2022 Skills Needed from Previous Videos and Handouts ProcessIt for obtaining an EI spectrum from a GC-MS file SearchIt/MineIt for searching a mass spectrum Tips for drawing structures using ChemWindow NOTE: Internet links to my FREE course on…
Klíčová slova
mineit, mineitinterpreter, interpretertutorial, tutorialchemwindow, chemwindowprocessit, processitvideo, videohandout, handoutadd, addnist, nistspectrum, spectrumfile, filelinks, linksrecord, recordsearchit, searchitlittle
Transferring Spectra from KnowItAll to NIST Search
2022|Wiley|Prezentace
KnowItAll Mass Spectrometry Training Vendor Neutral Data Processing Solution for Spectral Analyses “Transferring Spectra from KnowItAll to NIST Search” James Little Mass Spec Interpretation Services Handouts for Videos: Website: Little Mass Spec and Sailing https://littlemsandsailing.wordpress.com NOTE: Series of other training…
Klíčová slova
knowitall, knowitallnist, nistsearch, searchcaller, callersearchit, searchitmsp, mspfile, fileprocessit, processitformat, formatspectra, spectratransferring, transferringswitch, switcheasy, easytransfer, transferreasons
Novel Wiley Adaptive MS Search for the Identification of Unknowns
2022|Wiley|Prezentace
KnowItAll Mass Spectrometry Training Vendor Neutral Data Processing Solution for Spectral Analyses “Novel Wiley Adaptive MS Search for the Identification of Unknowns” James Little Mass Spec Interpretation Services Handouts for Videos: Website: “Little Mass Spec and Sailing” https://littlemsandsailing.wordpress.com Note: In-depth…
Klíčová slova
adaptive, adaptivesearch, searchnist, nistwiley, wileyspectrum, spectrumknowitall, knowitallfield, fieldunknown, unknownreference, referencelibraries, librarieshybrid, hybridmolecular, molecularinfo, infoshifted, shiftedhit
