Agilent G3835AA MassHunter Mass Profiler Professional Software - Quick Start Guide

Význam tématu

Analýza hromadných dat z hmotnostní spektrometrie je klíčová pro metabolomiku, proteomiku a další obory, kde se vyhodnocují komplexní vzorky. Potřeba nástrojů pro spolehlivou diferenciální analýzu mezi vzorkovými skupinami a integrovanou identifikaci a cestní analýzu je v praxi zásadní.

Cíle a přehled studie

Průvodce popisuje rychlý začátek práce s programem Agilent Mass Profiler Professional verze 14.9. Uživatel je proveden aktivací licence, registrací, založením projektu a experimentu, importem dat a spuštěním základní statistické diferenciální analýzy s testem významnosti a změnami fold change. Součástí je také přehled pokročilých možností a odkazy na doplňující dokumentaci a vzdělávací materiály.

Použitá metodika

Software podporuje vytváření experimentu s kroky zarovnání dat, filtrování, normalizace, baseliningu a seskupování vzorků. Pro diferenciální analýzu jsou k dispozici statistické metody ANOVA, Shapiro Wilk, DAgostino Pearson test normality, test významnosti a fold change. Multivariační přístupy zahrnují PCA, hierarchické clusterování, SOM, QT cluster a analýzu typu volcano plot. Výsledky lze vizualizovat pomocí scatter plotů, heatmap, boxplot a Vennovských diagramů. Podpora vlastních R skriptů umožňuje další normalizaci a korelační analýzu.

Použitá instrumentace

Analýzu zajišťuje program Agilent Mass Profiler Professional integrován s MassHunter Workstation, Spectrum Mill a ChemStation. Pro identifikaci lze využít osobní databáze sloučenin LC MS a knihovny GC MS (NIST, Fiehn Metabolomics). Software podporuje data z GC MS, LC MS, CE MS a ICP MS ve formátu CEF a dalších. Integrace s GeneSpring umožňuje propojení metabolomických a transkriptomických dat a moduly pro cestní analýzu BioCyc a KEGG zajišťují biologickou interpretaci.

Hlavní výsledky a diskuse

Verze 14.9 přináší rozšířenou podporu CEF souborů, možnost práce s již logaritmicky transformovanými daty, pokročilou Venn analýzu až pro více než čtyři entity listy s tabulkovým shrnutím unikátních a sdílených oblastí, normalita testy pro výběr vhodných statistických metod a čtyři předinstalované R skripty pro normalizaci a korelační analýzu. Tyto novinky dále zrychlují a zefektivňují analytický pracovní tok.

Přínosy a praktické využití metody

Agilent Mass Profiler Professional umožňuje rychlé zpracování velkých hmotnostně spektrometrických datasetů, integrovanou identifikaci a anotaci sloučenin, automatizovanou predikci třídy vzorků a komplexní statistické vyhodnocení. Díky plynulé integraci do ekosystému Agilent, podpoře více MS platforem a modulem pro integrovanou cestní analýzu nachází uplatnění v metabolomice, proteomice, farmaceutickém výzkumu, potravinářství, environmentální analytice i dalších průmyslových odvětvích.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekávaný vývoj směřuje k dalšímu rozšíření automatizace a využití umělé inteligence pro interpretaci dat, cloudovým řešením pro kolaborativní práci na projektech, rozšířené podpoře vlastních skriptů, integraci dalších omikstypů a vylepšeným interaktivním vizualizacím. Dále se počítá s propojením reálného času a digitálních platforem pro sdílení a publikaci výsledků.

Závěr

Agilent Mass Profiler Professional 14.9 představuje robustní a komplexní platformu pro statistickou a vizuální analýzu hmotnostně spektrometrických dat. Díky široké škále nástrojů, hladké integraci a možnosti rozšíření vlastním kódem výrazně zkracuje a zefektivňuje výzkumné a rutinní analytické procesy.

Reference

• Agilent Technologies MassHunter Mass Profiler Professional Quick Start Guide verze 14.9 2017
• Keseler IM et al Nucleic Acids Research 39 D583 D590 2011 BioCyc
• Caspi R et al Nucleic Acids Research 40 D742 D753 2012 BioCyc
• Kanehisa M et al Nucleic Acids Research KEGG Database