Hlavním zaměřením Biologického centra je výzkum v biologických a biologicko-ekologických oborech, zejména v entomologii, hydrobiologii, molekulární biologii rostlin, parazitologii a půdní biologii. Hlavním cílem je získávat, zpracovávat a rozšiřovat poznatky o volně žijících i parazitických organismech, jejich vzájemných vztazích i jejich vlivu na ekosystémy a další organismy včetně člověka, a to na úrovni molekul, buněk, organismů i ekosystémů.