Extended Mass Range Triple Quadrupole for Routine Analysis of High Mass-to-charge Peptide Ions

Význam tématu

Rutiní a vysoce propustná kvantifikace proteinů pomocí LC-Triple Quadrupole MS v proteomice často vyžaduje výběr specifických peptidů a vhodných MRM přechodů. Peptidy s vysokým m/z jsou kvůli limitům hmotnostního rozsahu často opomíjeny, přesto mohou nést klíčové biologické informace, např. o glykozylaci nebo jiných post-translačních modifikacích.

Cíle a přehled studie

Cílem bylo demonstrovat schopnost Agilent 6495B Triple Quadrupole LC/MS systému s rozsahem až do m/z 3000 při analýze vysoce m/z peptidových iontů. Pro testování byly použity trypticky štěpený standard monoklonální protilátky (mAb) a komplexní extrakt obohacených HeLa membránových proteinů.

Použitá metodika a instrumentace

Pro chromatografii a hmotnostní analýzu byly aplikovány následující přístroje a parametry:

• Agilent 1290 Infinity UHPLC systém
• Agilent Jet Stream zdroj v kladném iontovém režimu
• Agilent 6495B Triple Quadrupole MS s masovým rozsahem do m/z 3000
• Poroshell 120 EC-C18, 2,1×100 mm, 2,7 µm kolona
• MRM metoda: 3,5 min pro mAb glykopeptid, 21 min pro HeLa peptidy

Hlavní výsledky a diskuse

Všechny sledované glykopeptidy i membránové peptidy s produktovými ionty v rozsahu m/z 204,1 až 2429,3 vykázaly vynikající linearitu (R2 > 0,989), přesnost 84–108 % a opakovatelnost retence (RSD < 0,5 %). Vyšší m/z ionty vykazovaly nižší šum a lepší poměr signál/šum v komplexním podkladu. U glykopeptidu s odhadovanou LOQ kolem 13 amol na koloně byla prokázána přesnost ~97 % při 18,5 % RSD.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda umožňuje cílenou kvantifikaci peptidů, které by jinak kvůli vysokým m/z unikly běžnému nastavení. To zlepšuje analýzu membránových proteinů, glykosylovaných míst a jiných modifikací. Rozšířený rozsah zvyšuje flexibilitu výběru MRM přechodů a zlepšuje kvalitu dat v rutinních QA/QC i výzkumných aplikacích.

Budoucí trendy a možnosti využití

Další vývoj by mohl směřovat k automatizaci výběru vysokom/z přechodů s podporou strojového učení, integraci s vyšší propustností UHPLC workflow a rozšíření aplikací na další modifikované proteiny či endogenní peptidy s komplexními strukturami.

Závěr

Agilent 6495B Triple Quadrupole LC/MS se svým rozšířeným masovým rozsahem do m/z 3000 poskytuje reprodukovatelné a přesné kvantifikace vysoce m/z peptidových iontů. Metoda zlepšuje analýzu těžko detekovatelných modifikovaných peptidů a otevírá nové možnosti v cílené proteomice.

Reference

• Wu L, Miller CA, Hsiao J, Chu T, Zekavat B, Fandino A Extended Mass Range Triple Quadrupole for Routine Analysis of High Mass-to-charge Peptide Ions Application Note Agilent Technologies 2018