Efficient Data Pre-processing of PSB Unit Resolution ETD MS/MS Spectra
Technické články | | Thermo Fisher ScientificInstrumentace
Správné přiřazení náboje prekurzorových iontů je zásadní pro efektivní analýzu ETD spekter. Bez této informace je nutné opakované vyhledávání v databázi pro různé nábojové stavy, což zvyšuje výpočetní nároky a riziko falešně pozitivních výsledků.
Cílem je představit novou funkci předzpracování ETD dat v software BioWorks 3.3.1, která automaticky určuje náboj iontů na základě charakteristických rysů jednotkově rozlišených ETD spekter. Funkce umožňuje jednorázové vyhledávání spekter s přiřazeným jediným nábojem.
Automatické předzpracování analyzuje ETD spektrum, identifikuje řadu špiček z nedisociovaných, nábojem redukovaných prekurzorů a doprovodné ztráty (např. odštěpení NH2). Na základě těchto signaturů je jednorázově přiřazen nejpravděpodobnější náboj iontu.
Metoda snižuje výpočetní zátěž a počet falešných identifikací. Jednoznačné přiřazení náboje umožňuje efektivnější a rychlejší vyhledávání peptidů v proteomických studiích.
Očekává se rozšíření na vysoké rozlišení, integrace s dalšími databázovými vyhledávači mimo MASCOT a adaptace pro další metody fragmentace.
Nová funkce předzpracování ETD dat v BioWorks 3.3.1 významně zefektivňuje identifikaci spekter díky přesnému přiřazení náboje. Tento přístup snižuje počet vyhledávání a minimalizuje falešné pozitivní nálezy.
LC/MS, LC/MS/MS
ZaměřeníVýrobceThermo Fisher Scientific
Souhrn
Význam tématu
Správné přiřazení náboje prekurzorových iontů je zásadní pro efektivní analýzu ETD spekter. Bez této informace je nutné opakované vyhledávání v databázi pro různé nábojové stavy, což zvyšuje výpočetní nároky a riziko falešně pozitivních výsledků.
Cíle a přehled studie / článku
Cílem je představit novou funkci předzpracování ETD dat v software BioWorks 3.3.1, která automaticky určuje náboj iontů na základě charakteristických rysů jednotkově rozlišených ETD spekter. Funkce umožňuje jednorázové vyhledávání spekter s přiřazeným jediným nábojem.
Použitá instrumentace
- Mass spectrometrie s fragmentací ETD (jednotkové rozlišení)
- Software BioWorks 3.3.1 (Thermo Fisher Scientific)
- Formát dat .SRF pro vyhledávání v databázi
Použitá metodika
Automatické předzpracování analyzuje ETD spektrum, identifikuje řadu špiček z nedisociovaných, nábojem redukovaných prekurzorů a doprovodné ztráty (např. odštěpení NH2). Na základě těchto signaturů je jednorázově přiřazen nejpravděpodobnější náboj iontu.
Hlavní výsledky a diskuse
- Správné přiřazení jednoho náboje v průměru ve 90 % případů.
- Pro zbývajících 10 % spekter jsou navrženy dvě nejpravděpodobnější hodnoty náboje.
- Distribuce nábojových stavů je významná nad 3+, což bez předzpracování zůstalo bez detekce.
- Počet souborů pro vyhledávání byl snížen více než pětinásobně, což dramaticky zrychlilo dobu analýzy.
Přínosy a praktické využití metody
Metoda snižuje výpočetní zátěž a počet falešných identifikací. Jednoznačné přiřazení náboje umožňuje efektivnější a rychlejší vyhledávání peptidů v proteomických studiích.
Budoucí trendy a možnosti využití
Očekává se rozšíření na vysoké rozlišení, integrace s dalšími databázovými vyhledávači mimo MASCOT a adaptace pro další metody fragmentace.
Závěr
Nová funkce předzpracování ETD dat v BioWorks 3.3.1 významně zefektivňuje identifikaci spekter díky přesnému přiřazení náboje. Tento přístup snižuje počet vyhledávání a minimalizuje falešné pozitivní nálezy.
Reference
- Thermo Fisher Scientific: Efficient Data Pre-processing of Unit Resolution ETD MS/MS Spectra, Product Support Bulletin PSB 125
Podobná PDF
Merging CID and ETD Database Search Results to Increase Confidence in Protein ID
2008|Thermo Fisher Scientific|Technické články
m a s s s p e c t r o m e t r y P PSB 126 Page 1 of 2 R O D U C S T U P P O R B T U L L…
Klíčová slova
etd, etdcid, cidscans, scansabundance, abundancerelative, relativeraw, rawpeptides, peptidesmerging, mergingmerged, mergedltq, ltqdependent, dependentadjacent, adjacentsearch, searchalternating, alternatingdatabase
Thermo Scientific Proteome Discoverer
2008|Thermo Fisher Scientific|Brožury a specifikace
m a s s s p e c t r o m e t r y Thermo Scientific Proteome Discoverer Mass Informatics Platform for Protein Scientists Part of Thermo Fisher Scientific Proteome Discoverer A Comprehensive and Expandable Software Platform for…
Klíčová slova
discoverer, discovererproteome, proteomesearch, searchetd, etdprotein, proteinmascot, mascotdata, datadatabase, databaseresults, resultsfalse, falsesequest, sequestfrom, fromsaved, savedfiltered, filteredcid
Top-down Characterization of Monoclonal Antibody on an Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Mass Spectrometer
2016|Thermo Fisher Scientific|Postery
Poster Note 64778 Top-down Characterization of Monoclonal Antibody on an Orbitrap Fusion Lumos™ Tribrid Mass Spectrometer Seema Sharma, Stephane Houel, Christopher Mullen, Chad Weisbrod, Romain Huguet, John Syka, Dave Horn, Jonathan Josephs, Jae Schwartz, Vlad Zabrouskov Thermo Fisher Scientific, San…
Klíčová slova
abundance, abundancefragmentation, fragmentationantibody, antibodyintact, intactetd, etdrelative, relativemab, mabtop, topdown, downheavy, heavydeglycosylated, deglycosylatedmonoclonal, monoclonaluvpd, uvpdpulses, pulsessing
Go beyond in biopharmaceutical characterization
2020|Thermo Fisher Scientific|Technické články
65653 WHITE PAPER Go beyond in biopharmaceutical characterization Unprecedented insights into the most advanced biotherapeutics are revealed by utilizing the pioneering technology and software developments incorporated into the Thermo Scientific™ Orbitrap Eclipse™ Tribrid™ mass spectrometer. Abstract The pioneering technology and…
Klíčová slova
mass, massptcr, ptcrion, ionorbitrap, orbitraptribrid, tribrideclipse, eclipseproduct, productcharacterization, characterizationetd, etdcharge, chargenative, nativedown, downions, ionsresulting, resultingstate
