Fast-Track SWATH® Acquisition Data Processing with the SCIEX Cloud

Význam tématu

Rostoucí objem dat v omických oborech vytváří tlak na efektivní ukládání a zpracování výsledků. Cloudová řešení umožňují vzdálený přístup k výpočetně náročným aplikacím, sdílení dat a jejich bezpečnou analýzu v rámci plně spravované infrastruktury.

Cíle a přehled studie

Cílem projektu OneOmics od SCIEX je nabídnout ucelenou cloudovou pipeline pro zpracování SWATH® akviziční proteomiky. Pipeline podporuje kompletní workflow od nahrání surových dat až po multivariační analýzy a biologickou interpretaci, s možností porovnání proteomických dat s transkriptomickými výsledky.

Použitá metodika

Pipeline sestává z následujících kroků

1. Generování spektrální iontové knihovny z DDA dat v ProteinPilot softwaru v cloudu
2. Nahrání SWATH® akvizičních dat pomocí CloudConnect AutoUploader nebo manuálně
3. Definice experimentálních metadat (studijní skupiny, biologické a technické replikáty) v Experiment Manageru
4. Extrahování peptidů a FDR analýza v modulu Extractor
5. Normalizace dat a výpočet fold change proteinů v modulu Assembler s MLR přístupem
6. Vizualizace dat a statistické analýzy v Analytics, Browser, MarkerView a Review aplikacích

Použitá instrumentace

• Hmotnostní spektrometr schopný SWATH® akvizice
• CloudConnect software pro přenos dat z pracovních stanic do cloudu
• OneOmics cloudová platforma SCIEX
• ProteinPilot pro tvorbu iontové knihovny
• Experiment Manager, Extractor a Assembler moduly v SCIEX cloudu
• Vizualizační nástroje Analytics, Browser, MarkerView, Review a iPathwayGuide

Hlavní výsledky a diskuse

OneOmics pipeline umožňuje zpracování stovek SWATH® datových souborů s vysokou propustností a reprodukovatelností. Díky modulárnímu přístupu lze snadno vytvářet a sdílet výsledné projekty. Integrovaná vizualizace podporuje porovnání proteomických a transkriptomických dat a odhaluje klíčové biologické trendy.

Přínosy a praktické využití metody

• Zrychlené zpracování velkých datasetů bez lokální výpočetní zátěže
• Bezpečné sdílení dat a výsledků mezi spolupracovníky
• Komplexní workflow od surových dat k biologické interpretaci
• Podpora opakovatelnosti výzkumných experimentů

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se rozšíření pipeline o strojové učení pro automatizovanou analýzu, integraci dalších omických vrstev a real-time zpracování dat. Větší interoperabilita mezi cloudovými platformami a otevřená data zvýší možnosti kolaborace a rychlost vědeckých objevů.

Závěr

OneOmics pipeline ve SCIEX cloudu představuje inovativní řešení pro vysokopropustnou proteomickou analýzu s robustními nástroji pro vizualizaci a interpretaci dat. Platforma zjednodušuje práci s komplexními omickými daty a podporuje efektivní spolupráci výzkumných týmů.

Reference

1. SWATH Acquisition Performance Kit
2. CloudConnect Software
3. CloudTalks o aplikacích OneOmics
4. Komunita OneOmics Project